口袋妖怪蓝宝石GBA汉化版的机制同样成熟完善。玩家能在游戏里体验培养神奇宝贝、和其他玩家对战、探索未知世界等多种玩法。
故事的开端是未白镇，主角跟着家人搬到这里，开始了全新的生活。在小田卷博士的研究室里，玩家可以从木守宫、火稚鸡和水跃鱼这三只初始宝可梦中选一只作为旅行的伙伴。这时候，有个争强好胜的童年好友会成为你的对手，在旅途中一次次向你发起挑战。主要目标有两个：一个是战胜八大道馆的馆主，最后成为联盟冠军；另一个是通过捕捉、让宝可梦进化和交换，慢慢把自己的宝可梦图鉴补充完整。
【种族价值】
每种宝可梦都拥有独特的种族值配置，这会左右它们在攻击力、速度、防御等方面的成长路径，挑选合适的培养目标是组建强力队伍的核心所在。
【阵容配对】
队伍搭配需要讲究策略，不同属性之间存在克制关系，用心培养个性化的宝可梦组合能显著提高战斗效率。
【重要属性】
特性系统为战斗增添了更多不确定性，一些特殊能力能在紧要关头改变战局走向，比如增强抗性、调整天气状况或是触发额外的效果。
1、双打对战
这款作品加入了双打对战模式，允许两名训练家一同发动攻击。在绿宝石版本里，要是两个敌人处于不同位置却同时察觉到主角，就会触发双打战斗，有些对手还会藏在暗处等待时机发起行动。
2、战斗动画
每只宝可梦从精灵球中被释放时，都会展现出独有的出场动作，像展翅、咆哮、跳跃等丰富生动的表现形式，显著增强了视觉呈现效果和角色的辨识度。
3、神奇领航
宝可梦导航仪保留了前作的功能，能用来查看地图和监控队伍状态。在绿宝石版本中，它新增了“呼叫”功能，玩家可以通过该功能与已登记的训练家进行远程联系。
4、呼叫功能
借助导航仪，训练家能够接收来自其他训练家的各类消息，像挑战邀请、战斗复盘以及探险提醒等，从而提升互动体验和活动的延续性。
1、口袋妖怪蓝宝石火稚鸡（アチャモ）
紧紧挨着训练家，迈着小碎步摇摇晃晃地行走。它从嘴里喷出的火焰温度高达1000摄氏度，是能将对手烧得焦黑的火球。[12]它体内有专门让火焰燃烧的部位，所以抱在怀里暖乎乎的，特别舒服。它的全身都覆盖着蓬松柔软的羽毛。
2、木守宫（キモリ）
它能用脚底的小刺钩住墙壁，实现垂直攀登。攻击时习惯动用那条巨大的尾巴。性格沉着冷静，总是不动声色。哪怕被体型庞大的神奇宝贝盯上，也会毫不退让地回瞪对方。
3、水跃鱼（ミズゴロウ）
头上的鳍就像极为灵敏的雷达，即便不用眼睛，也能从水或空气的流动里感知周围的情况。在水中时，它依靠脸颊的腮进行呼吸。而在危急关头，它能爆发出惊人的力量，甚至可以将比自身还要庞大的岩石撞得粉碎。
4、固拉多（グラードン）
在神话里，它被描绘成能创造陆地、拓展大地的神奇宝贝。曾与盖欧卡展开过生死对决，之后便陷入沉眠。它具备驱散雨云，借助光与热让水蒸发的能力，是遭遇洪灾的人们的救星。
5、盖欧卡（カイオーガ）
在神话里，它被描绘成能降下滂沱大雨、掀起滔天巨浪来拓展海洋的神奇宝贝。曾和固拉多展开过生死对决，之后便陷入沉眠。它具备制造遮蔽天空的雨云的力量，能降下瓢泼大雨，是饱受旱灾困扰的人们的救星。
1、口袋妖怪 蓝宝石》开局需先选择角色的性别与名字，完成选择后，你会发现自己身处一辆卡车中。下车后，妈妈会带你进入房子。进房后上到二楼，按A键打开时钟，设置好时间后下楼，看完电视就能离开家出发了。
2、前往博士家，登上二楼，会看到一个与你性别不同的孩子。和他搭话后，他会跑开。出门后往前走，就能看到博士正被追赶。把背包放在地上，随机选一只精灵救助博士，之后你需要返回博士的研究所。医生会给你一只精灵，接着前往一座城市，但暂时没什么用。如果继续往上走，会遇到对话后就逃跑的对手。和他结束互动后，你回到研究所，医生会给你一个精灵图鉴。出来后往上走，你妈妈会给你一件运动背心，之后按B键就能跑步了。
3、口袋妖怪蓝宝石然后从那个城市左边的缺口向左走，就到了一个新城。这个城市有会馆，但是不能打。和会馆里面的人对话，就可以交人抓精灵了。抓到之后往左走，然后直走。穿过一片森林后，你到达一座城市，那是一号会馆的所在地。快去打。打完之后获得技能39。玩完了就看劫了。别管他，去精灵中心左边的房子拿秘密01。然后直走，然后向左拐，你会看到一个山洞。进去打败海鸥，你就能拿到行李了。出门左转，那个人会带你去一家公司的三楼，总裁会给你主菜单，让你传个话。
4、离开公司后，沿着路一直往下走，穿过那片森林，就能抵达海边的一座小屋。之前你救下的老人和海鸥也在那里。和老人交谈后，他会带你渡海前往一座岛屿。你可以先发送信函或是拨打会馆电话，打完电话就能获取技能08。在送信的山洞里，刚进门就能找到秘笈05，接收器则在最深处。完成发货后可获得技能47。之后就让老人带我们前往下一个城市吧！
5、口袋妖怪蓝宝石我们先进入这里与里面的人交谈，当我们出来时，会发现博物馆前的人已经不在了。接着进入博物馆上到二楼，找到接收者并把行李交给他，中途会有捣乱的人需要解决。之后一直往前走到底再往右拐，途中会遇到主角的对手，对战时要小心，结束后会有剧情镜头。然后沿着这条路继续走，就能到达一个城市。在公会大厅门口，会遇到之前教他抓精灵的人，对战结束后可以进入公会大厅，打完里面的对手会获得技能34。之后从右下角房间的医生那里拿到秘密06。另外要注意，小精灵中心另一边的房子里有一辆自行车。
6、口袋妖怪 蓝宝石》接下来，上去把石头击碎。接着沿着道路前行，沙漠在右侧，目前你还无法进入。向左走，进入一个山洞。出洞后，先向上走，再向左走。我穿过一片火山灰区域抵达一座城市，但暂时没派上用场。之后我向左走，顺着路走，会进入一个有瀑布的山洞。在洞里，你会看到一场混战。看完后，回到地面那个冒着气泡的洞穴入口。往右走，你会发现原本在那里的两个人已经不在了，然后进去乘坐缆车。
7、在《口袋妖怪蓝宝石》中，下了缆车后向上走，击败领队，从旁边的机器上获取陨石，随后直接下去。此时你会抵达一座拥有行会大厅的城市。进入大厅后，经过一番跳跃移动，最终到达主人所在的位置。完成相关互动后，我获得了技能50。接着骑自行车返回城市，向右行进至设有选美中心且可获取比赛通行证的城市。当我们进入上方的洞穴时，会发现道路被岩石阻挡。用碎岩技能击碎石头后，有个男人会赠予你秘诀04。你需要通过这个洞穴前往目标地点。向下走，穿过森林，来到最初无法挑战的公会大厅。此时你会发现可以进行战斗，那就开始战斗吧。获胜后将获得技能42。出来后前往会馆左侧的房间领取秘笈03。之后回到能够绕远路骑自行车的城市，向右转，在河边使用秘密03，通过后径直往前走。（高无法骑自行车）你先前往一座研究所，解决里面的问题后再向右转。你的对手会向你发起挑战，获胜后可获得秘笈02。沿着道路一直前行，你会看到一座会馆，但有障碍物挡住了去路。不用着急，继续往前走，会来到一座桥边。有人告知你那是变色龙，并给了你药物。返回后使用药物，变色龙便会离开。击败公会大厅的对手后，就能获得技能40。
8、口袋妖怪 蓝宝石》里，你需要穿过刚才拿到物品的那座桥，一直往前走。走到路的尽头后向右拐，会看到一群人在交谈。接着继续往右走，就能抵达一座有超大型商场的城市。你的对手就在商场门口，这是最后一次碰面的机会了，要珍惜哦！之后直接前往海边，右上角有个山洞，但你暂时进不去。得知首领去了日暮山后，我们也跟着过去。一直往左走，到野生原野区下方的海域，游一会儿就能看到一个山洞。进入山洞并穿过它，沿着里面的路一直走，直到到达塔顶。此时首领已经逃走，你会获得一颗宝石（红蓝宝石版本对应的宝石不同）。
9、接下来我们要再前往凯耶城——也就是当时邮件送达的城市。飞过凯耶城后，抵达码头时会发现潜艇被劫持了。现在得飞回刚才经过的地方，进入洞穴后会发现里面空无一人，继续往里走吧！在洞穴里跳来跳去探索一番，最终能找到领队。击败领队后，我又匆忙跑开了，真可惜没能多停留！不过先别着急，我们先离开洞穴，记得要拿走主球，不然过会儿洞穴可能就消失了。出洞后向右直走，走到尽头会到达一座有会馆的城市，先去会馆看看吧！注意：这里是双打对战，必须携带至少2只精灵才能参与。完成会馆挑战后会获得技能04，之后去精灵中心左上角的房间，能拿到秘笈08。
接下来一路顺流而下，绕到126号水道潜下去，会看到一个洞穴。进入洞穴后会自动浮起来，眼前会出现一座城市（难道是古代水下城市？虽然有会馆但暂时无法挑战）。先离开这座城市，直走后右拐，潜到128号水道附近，会发现另一个洞穴，里面停着一艘潜艇。浮上水面后能看到一个洞口，进去吧！别忘了带上会推石头和碎岩的精灵。走到洞穴深处，终于见到了传说中的神兽，正高兴时却有人来闹事，解决掉闹事者后想捕捉神兽，它却跑掉了——不过不用担心，之后还有机会抓到它。
出门后天空电闪雷鸣，我立刻飞回了那座海底城市。这次我终于明白之前为什么要先熟悉路线了，不然肯定会怕得找不到路！回到城市后，前往会馆上方的山洞，神兽会从里面向你“招手”。不过不建议用大师球捕捉它，另外别忘了带上山洞里的秘密道具07。终于可以从洞穴里出来重见天日了！天气转好后，会馆就能正常挑战了，击败馆主后会获得技能03。
10、沿着128号水道一路向右前进，你会抵达一处大瀑布。和秘密07一同前往！瀑布上方有个山洞，穿过山洞就能到达前五的位置！你需要使用闪光（不用担心）来推动洞里的石头并打碎它们。那个你曾教他在出洞穴前捕捉精灵的孩子，会回来向你发起挑战，准备战斗吧！在一片赞美与惊叹的欢呼声后，你回到了家中。当你下楼时，爸爸会给你一张船票，这样你就能乘船前往挑战区了！对了，还有一个重要的点没说：从129号水路一直往左走，还有一座城市。这座城市本身没什么特别，但它的右边有一座塔，塔上有传说中的精灵凶空间，等级为70级，快去捕捉它！塔上必须使用风马自行车，中途控制好转弯就行！
1、口袋妖怪蓝宝石雷公、炎帝、水君：
捕获地点：无踪森林TracklessForest（位于卡纳兹市Rustborocity周边）；
出现条件：队伍中携带凤王或洛奇亚。
2、洛奇亚、凤王：
捕获地点：海紫堇（废弃船，需冲浪潜水）；
出现要求：击败原始固拉多/原始盖欧卡剧情之后。
3、裂空座：Lv70通关后Delta章获得；
出现地点：天柱顶端。
4、迪奥西斯：在Lv80通关后，于Delta章的太空中获取（该环节处于裂空座剧情之间，无法进行存档操作）；
出现地点：天柱顶端。
5、黄圣菇、红圣菇、蓝圣菇：
捕获地点：无名洞穴namelesscavern；
附加条件：身上携带三只（或以上）亲密度满的pm。
技能01气合拳きあいパンチ可在115号道路流星瀑布入口左侧的沙滩处，通过乘浪前往上方区域，上岸后沿着路径经过小绿洲，抵达山脚位置即可拾取获得。
使用拾荒特性的71到90级精灵，每战斗十次就会有一次获得机会，该次的获得概率为百分之一。
技能02龙之爪（ドラゴンクロー）位于流星瀑布内，需要先攀上瀑布，再进入深处的洞穴，之后乘浪到尽头，在317号精灵所在的小区域内可以拾得。
技能03水之波动みずのはどう，挑战ルネツティ镇的冰水训练场场主并获胜后即可获得。
技能04冥想（めいそう）挑战トクサネシティ市的超能力训练场孖生场主，获胜后获得
技能05“吼叫”（ほえる）位于ハジツゲタウン镇的左侧，与一位身边带着小恶犬的绅士对话后即可获得。
技能06剧毒どくどく位于缆车脚站左方的喷烟山洞内，沿途左侧有条需推石才能进入的分歧路，进入后可拾得
技能07冰雹位于トクサネシティ市上方的潮香山洞内，需在潮水退去时进入山洞最深处，于需要滑冰通过的冰底层拾取获得。
技能08巨大化ビルドアップ可通过挑战ムロタウン市的格斗训练场场主并获胜后获得
技能09种子机枪タネマシンガン位于カナズミティ市下方的花店门外，与站在种果坑旁的男子对话后即可获得。
技能10觉醒力量めざめるパワー位于ヒワマキツティ镇中上排第二间树屋，与屋内左侧的婆婆对话，依次选择选项1＞选项1＞选项2即可获得。
在カイナシティ市左侧的市集里，向市集右侧的商人支付3000日圆购买获得
技能11放晴（にほんばれ）位于ヒワマキツティ镇右方的120道路上，那里有一座横桥。先在横桥的上方使用冲浪，到达横桥下方的小洞窟内，就能拾得该技能。
技能12挑拨ちょうはつ位于カイナシティ市上方的忍者屋敷里，完成第五面迷宫后可从秃头屋主处获得。
技能13“冷冻光束”（れいとうビーム）可在キンセツシティ镇的赌场中，用4000个代币兑换获得。
在108水路的破船里，先去船长室拿到钥匙，再到破船下层右上角的房间里拾取
技能14“暴风雪ふぶき”可在ミナモシティ市的大型百货店4楼，向左侧的柜位售货员支付5500日圆购买获得。
技能15破坏光束はかいこうせん可在ミナモシティ市的大型百货店4楼，向左侧的柜位售货员支付7500日圆购买获得。
技能16光之壁ひかりのかべ可在ミナモシティ市的大型百货店4F，向右侧的柜位售货员支付3000日圆购买获取。
技能17“保护（まもる）”可以在ミナモシティ市的大型百货店4楼，找到右侧的柜位售货员，花费3000日圆购买获得。
技能18“祈雨”（あまごい）位于108水路的破船内，需先进入下层房间，潜水至底层后从另一侧上浮，接着进入下排第一间房间即可拾得。
技能19亿万顿吸收（ギガドレイン）可在迷雾山下方的123号道路获取，与站在种果坑旁的女子对话即可获得该技能。
技能20的神秘护符しんぴのまもり，可在ミナモシティ市的大型百货店4F，向右侧的柜位售货员支付3000日圆购买获得。
技能21撒气（やつあたり）可在キナギタウン（水面镇）中获取，具体位置是PC屋左下方的竹木屋内。获取方式为：将亲密度49或以下的精灵置于队伍首位，然后与屋内的绅士对话即可获得。
技能22太阳光束（ソーラービーム）位于121号道路的宝可梦捕获场内，在捕获场内左上方的小湖处使用冲浪到达对岸后即可拾取获得。
技能23钢之尾アインテール位于流星瀑布，需要攀上瀑布后，多次上下楼梯，最终在瀑布左上角附近找到并拾取。
技能2410万伏特（10まんボルト）可在キンセツシティ镇的赌场用4000个代币兑换获取
完成协助发电厂开启电源的事件后，可从雷电训练场的场主处获得。
技能25“闪电かみなり”可在ミナモシティ市的大型百货店4楼，向左侧柜位的售货员支付5500日圆购买获得。
技能26地震じしん在海洋团的海底基地里最深处拾得
使用拾荒特性的91到100级精灵，每战斗十次就会有一次获得机会，该次的获得概率为百分之一。
技能27报恩おんかえし位于キナギタウン水面镇中PC屋左下方的竹木屋里，把亲密度达到150或以上的精灵放在队伍首位，再和屋内的绅士对话就能获得。
完成流星瀑布的研究员事件后，前往他位于ハジツゲタウン镇的PC屋下方的家中与他对话，即可获得该物品。
技能28挖洞（あなをほる）可在ハジツゲタウン镇左方的家宅内获取，具体是与站在沙漠地道洞口外的红头小孩交谈后获得。
技能29精神干扰サイコキネシス可在キンセツシティ镇的赌场用3500个代币兑换获取。
在冠军山洞里，从瀑布下方的右侧上岸后，沿着路走会看到一段楼梯，登上楼梯后在下方能捡到
技能30影子球シャドーボール可在112号水路的墓场大楼顶楼获取。
技能31瓦割（かわらわり）可在ルネツティ镇的冰水训练场左上方的黑角顶小屋中，与一位功夫男性对话后获得。
技能32影子分身かげふんしん可在キンセツシティ镇的赌场用1500个代币兑换获取
位于连翘镇右方的小屋外，左侧有两个被火山灰覆盖的小凸起，查看左边的小凸起后拾取到
技能33反射盾リフレクター可在ミナモシティ市的大型百货店4楼，向右侧的柜位售货员支付3000日圆购买获得。
技能34电击波（でんげきは），通过挑战金泽市（キンセツシティ）镇的雷电训练场场主并获胜后获得。
技能35火焰喷射かえんほうしゃ可在キンセツシティ镇的赌场用4000个代币兑换获取
技能36毒污泥炸弹ヘドロばくだん，完成雷电训练场的剧情后，前往ムロタウン市中PC屋上方的大屋，与屋内的四眼男对话即可获得。
技能37沙尘暴すなあらし可在暴风沙漠的南方尽头处找到。
技能38“大字火”（だいもんじ）可在ミナモシティ市的大型百货店4楼，向左侧柜位的售货员支付5500日圆购买获得。
技能39岩石封杀（がんせきふうじ），在挑战カナズミティ市的岩石训练场场主并获胜后获得。
技能40燕返つばめがえし，是挑战ヒワマキツティ镇的飞翔训练场场主并获胜后获得的。
技能41“折磨いちゃもん”可在カイナシティ市的战斗帐篷中，与站在左上角的水手男对话后获取。
技能42空元气，通过挑战トウカシティ市的平衡训练场场主并获胜后获得。
技能43秘密力量ひみつのちから在111号道路上，暴风沙漠北面入口的上方有一名男子站在大树下，与他对话后即可获得该技能。
在カイナシティ市左侧的市集里，向市集右侧的商人支付3000日圆购买获得
技能44“睡觉”（ねむる）可在ミナモシティ市最右侧岸边的屋子里，与一位胖子对话后获得。
使用具备拾荒特性的51到70级精灵，每进行十次战斗后会获得一次获取机会，该次的获取概率为百分之一。
技能45诱惑メロメロ可在シダケタウン镇的战斗帐篷中，与左上方的女子对话后获取。
技能46盗取どろぼう刚进入カイナシティ市的博物馆，在1楼与站在中央的海洋团男子对话后即可获得。
技能47钢之翼はがねのつばさ在ムロタウン市左边的山洞里，与前冠军ダイゴ完成剧情对话后就能获得
技能48“特换”（スキルスワップ）可在112号水路的墓场大楼外、迷雾山的山脚处拾取获得。
技能49强夺よこどり在爆机后登上豪华邮轮，找到船中上排的第四个房间，与站在垃圾桶旁的四眼男交谈即可获得。
技能50燃烧殆尽オーバーヒート，是挑战フエンタウン镇的火焰训练场场主并获胜后获得的。
前往风景如画的卡洛斯地区，体验首次全面3D化的宝可梦冒险。邂逅全新的Mega进化系统，探索广阔的时装和自定义选项，在充满法式浪漫风情的世界中，成为最强的训练师。画面和系统的飞跃，令人印象深刻。
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